功能测试仪的盲点是无法测试到每一个零件的规格，即使功能测试OK，并不保证产品没有隐含性问题，而这些隐含性却问题可能会对您的产品质量造成致命性的障碍。

功能测试仪是动态加电测试，对有故障的基板而言，容易产生连锁性故障，波及本身没有故障的零件。造成原材料成本的浪费，增加生产成本。

功能测试仪只能测出哪一块电路故障，不能测出哪一个零件或地方的故障，对生产修理而言，增加技术依赖度及困难度。